药店的管理主要归属于国家市场监督管理总局，具体由该总局下属的国家药品监督管理局负责制定药品监管制度，并负责药品研制环节的许可、检查和处罚。省级药品监督管理部门则负责药品生产环节的许可、检查和处罚，以及药品批发、零售等许可。市县两级市场监督管理部门则负责药品零售、医疗器械经营的许可、检查和处罚，以及化妆品经营和药品、医疗器械使用环节质量的检查和处罚。