农村合作医疗（新农合）通常归属于人力资源和社会保障局管理，具体由医保局或医保科负责。在一些省份，可能设有专门的新农合科来管理。如果当地实现了医疗保险（医保）与工伤保险（工伤保险）或生育保险（生育保险）的合并管理，新农合可能会统一归社保局管理。