工程规费的缴纳主体和方式如下：
缴纳主体
建设单位：在办理施工建设许可证时，建设单位需要缴纳工程规费，包括人防异地建设费、农民工保证金、建工保险和新型墙材专项资金等。
施工单位：施工单位在办理施工许可证过程中，也需要承担规费的缴纳责任，具体费用包括人防异地建设费、农民工保证金、建工保险、新型墙材专项资金等。
缴纳方式
建设单位：在建筑工程报建时，建设单位需要按照国家和各级政府的规定，向县住建局或其他指定部门缴纳城市基础设施配套费、新型墙体材料专项基金、建筑业劳保统筹基金、人民防空工程易地建设费、工程交易服务费等规费。
施工单位：施工单位可以自行向政府相关部门支付规费，然后再依据合同约定的费率从建设单位处获得工程款抵销相应的成本支出。
规费内容
工程规费通常包括工程排污费、住房公积金、社会保障费（如养老保险费、失业保险费等）、新型墙材专项资金等。
建议
建设单位和施工单位都应明确规费的缴纳责任，确保在项目开工前完成相关费用的缴纳，以避免因未缴纳规费而引发的法律风险。
施工单位在缴纳规费时，应详细记录并妥善保管相关缴费凭证，以备后续审计和结算之需。
建设单位在支付工程款时，应确保将施工单位已缴纳的规费部分予以扣除，以保障各方权益。
