债券的登记托管结算机构主要有两个，具体如下：

中央国债登记结算有限责任公司（简称“中央结算公司”或“中债登”）：

成立于1996年，是为全国债券市场提供国债、金融债券、企业债券和其他固定收益证券的登记、托管、交易结算等服务的国有独资非银行金融机构。

是财政部唯一授权主持建立、运营全国国债托管系统的机构，也是中国人民银行指定的全国银行间债券市场债券登记、托管、结算机构和商业银行柜台记账式国债交易一级托管人。

中国证券登记结算有限责任公司（简称“中国结算”）：

承接了原来隶属于上海和深圳证券交易所的全部登记结算业务。

负责为交易所市场的债券提供登记、托管和结算服务。

银行间市场清算所股份有限公司（简称“上海清算所”或“上清所”）：

作为专业清算机构，由中国外汇交易中心、中央国债登记结算有限责任公司、中国印钞造币总公司、中国金币总公司等4家单位共同发起。

提供以中央对手为主的集中清算或净额清算服务，提高市场整体的效率和流动性。

根据上述信息， 中央国债登记结算有限责任公司是主要的债券登记机构，负责国债、金融债券、企业债券和其他固定收益证券的登记、托管和结算工作。而 中国证券登记结算有限责任公司则负责交易所市场的债券登记、托管和结算工作， 银行间市场清算所股份有限公司则提供清算服务。

因此，债券的登记主要在中央国债登记结算有限责任公司进行，而交易所市场的债券则在中国证券登记结算有限责任公司进行登记和交易，银行间市场的债券则在上海清算所进行清算。