违章建筑的管理通常由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门负责。具体来说：
1. 如果涉及土地使用违法，一般由土地行政主管部门进行认定。
2. 如果涉及建筑违法或程序违法，则由城乡规划部门进行认定。
3. 农村村民非法占用土地建住宅的违法行为，只能由农业农村主管部门管辖。
4. 乡镇里的违法建筑，现在权利下放，都归镇执法队管，住宅类的违法建筑归农业农村局管。
5. 城市规划行政部门负责违章建筑的现场调查取证。
6. 逾期未自行拆除的违章建筑，由区（县）人民政府组织有关部门强制拆除。
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