十三薪在计算个人所得税时，主要涉及以下扣除项目：

起征点扣除

个人所得税的起征点为5000元，即只有超过5000元的部分需要缴纳个人所得税。

专项扣除

包括“三险一金”等，具体包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和住房公积金。

专项附加扣除

包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等六项。

其他扣除

依法确定的其他扣除项目。

双薪合并扣除

如果纳税人取得“双薪”当月的工资、薪金所得不足一定金额（如2000元或3500元，具体金额可能因地区而异），则可以将“双薪”所得与当月工资、薪金所得合并，减除一定金额后的余额作为应纳税所得额。

税率和速算扣除数

根据应纳税所得额，按照个人所得税税率表确定适用税率和速算扣除数，进行计算缴纳个人所得税。

具体计算示例

假设某员工的月薪为10000元，年底发放十三薪：

十三薪工资计算

十三薪工资 = 月薪 / 12 * 工作月份 = 10000 / 12 * 1 = 8333.33元。

应纳税所得额计算

应纳税所得额 = 十三薪工资 - 起征点5000元 = 8333.33 - 5000 = 3333.33元。

个人所得税计算

根据税率表，3333.33元属于第2级，适用税率为10%，速算扣除数为210元。

应纳税额 = 3333.33 * 10% - 210 = 333.33 - 210 = 123.33元。

因此，该员工年底发放的十三薪应缴纳个人所得税123.33元。

建议

企业在发放十三薪时，应严格按照个人所得税法的相关规定进行计算和扣除，确保合法合规。同时，员工也应了解自己的税收义务，确保按时足额缴纳税款。