机关单位主要实行 职务等级工资制度。具体来说，我国行政机关的工资制度经历了多次改革，包括供给制、包干制、工资分制、职务等级工资制度等阶段。1985年改革后，国家机关、事业单位实行了以职务工资为主，包括基本工资、工龄津贴、奖金在内的结构工资制度。

此外，公务员职务实行选任制、委任制和聘任制，而职级则实行委任制和聘任制，领导成员职务还按照国家规定实行任期制。

综上所述，机关单位主要实行职务等级工资制度，并辅以选任制、委任制和聘任制等公务员管理制度。