起诉离婚协议应当向 被告所在地的人民法院提起诉讼。根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，离婚案件一般由被告住所地的人民法院管辖，如果被告的住所地与其经常居住地不一致，则应向被告经常居住地的人民法院提起诉讼。
特殊情况下的管辖规定如下：
1. 如果被告已经离开住所地超过一年，则可以向原告住所地的人民法院提起诉讼。
2. 如果夫妻双方均已离开住所地超过一年，则可以向被告经常居住地的人民法院提起诉讼。
3. 对于被监禁或被劳动教养的人，可以向其被监禁或被劳动教养地的人民法院提起诉讼。
此外，对于军婚，如果军人一方为非文职军人，则可以向原告住所地的人民法院提起诉讼；若双方都是军人，则可以向被告住所地或被告所在部队团以上机关所在地的人民法院提起诉讼。
在准备起诉时，需要准备的材料包括离婚协议书、双方身份证、户口本、结婚证、财产证明、收入证明等，并向有管辖权的法院递交起诉状。法院在审查立案后，将安排开庭审理，并根据离婚协议的内容进行审理。
