耕地管理主要归农业农村部门负责。这个部门负责制定耕地保护政策、实施耕地质量提升项目、监督耕地占补平衡，以及开展耕地保护法律法规的宣传和执法检查。在具体实施中，农业农村部门还会与自然资源部等部门协作，共同确保耕地资源的合理利用和保护。