楼顶水塔的处罚方式主要依据《中华人民共和国城市规划法》、《中华人民共和国城市房屋拆迁条例》、《物业管理条例》以及《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规。具体处罚如下：

未经批准擅自建设

楼顶水塔若未经城市规划管理部门的批准建设，则属于违法建筑。

依据《中华人民共和国城市规划法》第四十六条，建设单位和拆除单位在规划许可批准前不得擅自动工或拆除建筑物。对于此类违建，相关部门将依法处理，可能包括责令恢复原状、罚款等。

违反《物业管理条例》

若楼顶水塔的建设和使用违反了《物业管理条例》的相关规定，如擅自改变公共建筑和共用设施的用途、占用公共区域进行建设等，将受到责令限期改正、警告及罚款的处罚。

根据《物业管理条例》第六十四条，个人或单位违反规定行为的，可处以1000元以上1万元以下的罚款或5万元以上20万元以下的罚款。

强制拆除

如果楼顶水塔无法获得相关部门的批准，则需依法强制拆除。

对于拒不拆除的违建行为，相关部门可采取行政强制手段，确保违建被及时拆除。

相关责任人员的处罚

对于涉及违建的业主或施工方，除了罚款外，还可能面临行政拘留及吊销许可证等处罚。

相关责任人员也可能需要承担行政责任或刑事责任。

综上所述，楼顶水塔的处罚方式主要包括警告、罚款、强制拆除以及可能涉及的相关责任人员的法律责任。具体处罚措施将根据违建的性质、规模及影响程度由相关部门依法执行。建议相关业主或施工方在建设楼顶水塔前务必了解并遵守相关法律法规，以避免不必要的法律风险。