当三轮车驾驶证被扣12分后，驾驶人应该按照以下步骤处理：

参加学习：

在十五天内到车管所参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。

参加考试：

学习结束后，在二十日内参加道路交通安全法律、法规及相关知识的考试。

考试合格：

考试合格后，记分予以清除，并发还机动车驾驶证。

考试不合格：

如果考试不合格，需要继续参加学习和考试。

拒不参加：

如果驾驶人拒不参加学习或考试，交通管理部门将公告其机动车驾驶证停止使用。

请确保在规定的时间内完成上述步骤，以避免进一步的处罚。